北交所股票交易佣金通常在成交金额的万分之二点五至万分之三左右，市场上较常见的默认费率是万三，也就是买入或卖出1万元股票，按比例计算的佣金约为3元。券商通常设置单笔最低收费，佣金不足5元时按5元收取，且买卖两边都要计算。北交所并不存在所有投资者完全统一的实际佣金档位，最终费率会受到券商、开户渠道、资金规模、交易频率以及客户协商情况影响。
北交所股票佣金最高不得超过成交金额的3‰，也就是千分之三，最低5元起收。这个3‰更接近监管层面的上限，并不等于普通投资者一定要按这个标准支付。部分券商会按照标准佣金收取，部分线上账户可以申请万三、万二点五，资金量较大或交易较活跃的投资者，协商空间可能更明显。需要留意的是，券商宣传的佣金万三有时只代表基础费率，是否包含经手费、监管费，必须结合账户实际收费说明判断。
北交所股票手续费不只有券商佣金。现行交易成本通常还包括过户费和印花税，其中过户费按成交金额的0.001%收取，买卖双方均涉及；印花税按成交金额的0.05%收取，只在卖出时由出让方承担。北交所证券交易经手费目前按成交金额的0.125‰双边收取，相关交易所及监管费用一般会按照券商账户的收费规则并入佣金或代收项目中。也就是说，不能只盯着万几佣金，还要看交割单里的完整费用构成。
举个更直观的例子，投资者买入1万元北交所股票，若账户佣金费率为万三，按比例只有3元，但由于低于5元，实际佣金按5元收取，同时产生约0.1元过户费。之后以1万元卖出，佣金仍按5元计算，过户费约0.1元，印花税则为5元，买卖合计交易成本大约为15.2元。成交金额提升到10万元后，万三佣金达到30元，已经超过5元起收门槛，双向佣金约60元，再加上过户费和卖出印花税，整体成本会更接近实际费率水平。
